在一八八五年以前多年的研究和初期医疗实践中，弗洛伊德积累了治疗神经病症的丰富经验，并取得了令人惊异的科学成果。早在一八八四年四月一日的一封信中，弗洛伊德已经写道：“我已经逐渐地把成为一个神经病治疗专家作为我一生的主要奋斗目标。”弗洛伊德还在《自传》中说，那时候，他已经“以诊断的正确，及死后解剖证实率高而闻名”。
　　在弗洛伊德担任神经病科医生期间，他的兴趣主要集中在神经病病理学方面。他在这段时间内，曾连续在《医药科学中心杂志》、《解剖学和生理学文库》以及在英国伦敦出版的《大脑》杂志上发表多篇学术论文，受到了神经病理学界的广泛重视。他的论文很快被译成捷克文、英文、意大利文与俄文。
　　弗洛伊德在神经病学方面的成果是从布吕克生理研究室的工作开始的。虽然当时他的研究专题是鱼类的神经细胞，但已经为他的研究奠定了基础。不论在研究内容和研究方法上，布吕克生理实验室的初期实践都是他的真正科学研究活动的良好开端。后来，梅纳特教授又给了他进一步研究人类高级神经系统病理的机会。一八八五年，在《神经病学中心杂志》发表了弗洛伊德的神经病理学论文，第二篇类似论文发表在同一期刊的一八八六年三月号上，第三篇论文发表在耳科疾病专门研究杂志的一八八六年九月号上。所有这些论文都集中地研究听觉神经的病理学问题。弗洛伊德以五至六个月的胎儿听觉神经纤维为主要解剖材料，进行了严密而细致的分析。这些论文虽然都是研究听觉神经，但弗洛伊德的主要兴趣是第五、第八、第九和第十条头盖神经及它们的三叉神经根，所有这些神经都同脊髓上的后根神经节相对应。
　　由于弗洛伊德在神经系统组织学和临床方面的经验及研究成果，弗洛伊德在被任命为维也纳大学医学院讲师后不久，被布吕克教授推荐享受一笔为数可观的留学奖学金，前往巴黎，做当时最著名的神经病学专家沙考特的学生。
　　留学奖学金是二百四十美元，可以足够维持六个月的学习和生活费用。
　　一八八五年八月底，弗洛伊德经历了三年零一个月的辛勤工作以后，终于离开了维也纳全科医院，前往巴黎。这意味着：他的一般性的初期医学实践结束了，他迈入了一个更加专门的研究领域——神经病学。
　　一八八五年秋，弗洛伊德到达巴黎。沙考特是医学史上空前未有的神经病学专家，在当时，凡是能做他的学生的人，就等于获得了终生的“护身符”，从此可以通行无阻地出入医学界而受到尊敬。人们会竖起大拇指赞扬沙考特的任何一位徒弟。在沙考特的领导下，法国沙尔彼得里哀尔医院成了举世瞩目的神经病学圣地。弗洛伊德到巴黎后，拜见了他，做他的学生，并在沙尔彼得里哀尔医院实习。
　　如果说在这以前弗洛伊德研究神经病系统的重点是一般的神经系统病理和组织学的话，那么，从他向沙考特学习开始，他的研究重点就转向神经病治疗学。弗洛伊德到巴黎后，写信给玛莎说：“再也没有别人如此深刻地影响着我，不管我自己是否认识到这个种子会长出丰硕的成果，反正沙考特已成为了我最尊敬的一个学者。”正是在这里，弗洛伊德第一次看到催眠术的神奇功能。第一次看到了精神刺激对于身体的控制作用，以致人的肉体可以不自觉的、无意识地接受精神刺激的摆布。只要出现肉体上的病症，就可以引起各种行为反应，而这些反应都是未经深思熟虑的。弗洛伊德参加了沙考特的一系列实验和讲演，从这时候起，他开始思考着无意识的存在的可能性，而这种无意识的精神活动所起的作用是同有意识的思考根本不同的。以后，我们将会看到，对这种无意识的精神现象的深入研究，成了弗洛伊德的整个精神分析学的基本出发点之一。
　　弗洛伊德在自己的信中，多次高度赞扬了沙考特的学风和治学精神以及工作态度。弗洛伊德说，沙考特对病人抱着高度的热情，深切地关怀着病人的痛苦。弗洛伊德把沙考特的这种态度同维也纳的医生的麻木不仁的肤皮潦草态度加以对比。在弗洛伊德带回维也纳的一张反映沙考特的工作态度的石版画中，可以看到沙考特正在帮助他的学生和助手扶持一位处于半昏迷状态的女病人。弗洛伊德的大女儿后来说，每当她看到这张图片，总是激起她的上进心和责任感，鼓励着她奋不顾身地去工作。她还说，她爸爸多次指着这张画，教育她要学习沙考特的谦逊、热情和严谨的学习精神和工作态度，以致在她的记忆中留下了永远不可磨灭的印象。
　　在沙尔彼得里哀尔医院，弗洛伊德集中地研究幼儿的大脑和脊髓的退化现象。他还对一位女病人的尸体进行了详细的病理解剖，发现她所患的半身不遂症（病人从一八五三年起患有此病，至一八八五年才病死）是由于她在三十年前产生了血管栓塞，造成了血管硬化。他在作出上述论断过程中，一共列出了七条站得住脚的理由，并进行了严密的显微镜观察。他善于从多种可能的原因中推断出最可靠、最实际、最真实的理由，然后，他又从多种实际存在的理由中选出最本质、最主要的因素。
　　为了献身于神经病学的研究，他甚至写信给玛莎说：“你可以相信，当科学与爱情两者具来的时候，我就不得不为科学起见而战胜爱情。”弗洛伊德表示，他要奋不顾身地解决大脑解剖的问题。不然的话，一切都无从谈起。
　　弗洛伊德还说；“做为一位老师，沙考特是极其完美的鼓舞者，他的每一次讲座部是结构方面和文章方面的典范。他的文体优美而高度完善，他的讲演是如此生动和深刻，以致久久地在耳边留有回音，而他的实验操作过程则可以栩栩如生地在你的眼前保留很多天。”
　　弗洛伊德还为沙考特翻译论文。在《自传》中，弗洛伊德写道：
　　有一天我听到沙考特感叹着战后（指普法战争后）还不曾有人把他的讲义译成德文，还说假如有人愿意把他的新讲义翻成德文，他就很高兴。我就写了一封信给他，自愿承担这项工作，我至今还记得那封信里的句子。沙考特接受了我的毛遂自荐。我遂进入了沙考特的个人生活圈子里，而且从那时候开始，我参加了医院里的一切活动。
　　弗洛伊德是在一八八六年七月完成他的翻译工作的。沙考特的这篇讲义的德文译本比它的法语原文还提早出版了几个月。这个讲义的题目是《关于神经系统疾病，特别是关于歇斯底里病症的新讲义》。为了感谢弗洛伊德的德文翻译，沙考特赠送给他一套他的著作全集，书上还写了如下献词：“献给弗洛伊德医生先生，沙尔彼得里哀尔的最珍贵的纪念。沙考特。”
　　弗洛伊德从沙考特那里学习到不少东西，而其中最给予他深刻影响的是沙考特关于歇斯底里病症的治疗成果。
　　弗洛伊德在他的《自传》中说：
　　和沙考特在一起给我印象最深的，是他对歇斯底里症的最新研究，尤其是有一部分是我亲眼看到的。比方说，他证明了歇斯底里症现象的真实性及其合理性。他指出了歇斯底里症也常常发生在男人身上，并且以催眠暗示等方法引发歇斯底里性的麻痹和强直收缩，从而证明这种人为的歇斯底里症和自发性的症状发作，没有任何细节上的差异。沙考特的许多教范，先是引起我和其他就教者的惊奇，继而发生怀疑，使我们想办法去应用当时的学理以求证实他的学说，而他在处理这一类怀疑时，永远都是那么友善，那么有耐心。但是，他有时也是最武断的一个人。
　　……在我离开巴黎之前，我曾和这位了不起的人物讨论到把歇斯底里性麻痹同机体性麻痹症作比较研究的计划。我希望能建立一个学说，主张以一般的界限概念，而不是以解剖学上的事实作为划分歇斯底里麻痹症与身体各部分的感觉障碍症的根据。他虽然赞成我这个看法，但显然地，他实际上并无多大兴趣对精神性疾病作进一步的探索。因为他的一切工作的出发点，还是病理解剖学。（见弗洛伊德《自传》）
　　在沙考特和弗洛伊德研究歇斯底里症以前，人们一般把歇斯底里症看作是一种“伪装”或“拟态”，甚至有人把它说成是一种特殊的“想象”或“假想”。很多医生不愿意花时间去研究歇斯底里症。更可笑的是，医学界往往把歇斯底里症看作妇女病，把它诊断为“子宫的倒错”或阴蒂的病症引起的。因此，在治疗时竞毫无根据地采取切除阴蒂的野蛮手术，或让病人嗅一种叫“缬草”的植物。这种草有特殊的味道，病人闻了以后可以引起一种特殊的反应，引起子宫的收缩。沙考特的卓越贡献就是确定歇斯底里是神经系统的疾病，排除了上述种种荒唐的治疗法。
　　实际上，“歇斯里底症”这个名称本身就是医学史上的耻辱的痕迹。“歇斯底里”（Hysteria）一词的词根“Hysteron”就是“子宫”，用这个名词来称神经系统的疾病，表明早期医学的无能。弗洛伊德曾在《自传》中谈到一次由“Hysteria”这个病名引起的笑话。那是在他刚从巴黎回维也纳后不久，弗洛伊德向医学会报告自己在巴黎的学习成果。到会的许多人，包括所谓的医学界“权威”，如医学会主席班贝尔格医生，竟宣称弗洛伊德的报告是“无法令人置信”的。当弗洛伊德谈到一位男病人的歇斯底里症时，在座的一位老外科医生，按捺不住叫嚷起来说：“老天！亲爱的弗洛伊德先生，你怎么会讲这些无聊的话呢？Hysteron的意思是子宫，一个大男人怎么会Hysterical（患歇斯底里症）呢？”弗洛伊德回维也纳后甚至不被准许对男歇斯底里症患者进行治疗。
　　在巴黎学习和研究过程中，弗洛伊德逐渐对巴黎的实验室设备感到不满。一八八六年二月底，弗洛伊德完成了在巴黎的研究计划以后，终于离开巴黎回维也纳。
　　在返回维也纳的途中，弗洛伊德到柏林拜访了阿道夫·巴金斯基，巴金斯基是著名的小儿科专家。他拜访巴金斯基的原因，据说与奥地利的种族歧视有关。本来，按照弗洛伊德在神经科的临床经验和研究成果，他完全有资格在维也纳大学医学院所属的“精神病和神经病诊疗所”担任要职；但是，他获悉由于种族歧视，他无望在那里就职；所以，他为自己的工作寻找别的出路。恰好在这个时候，儿科专家马克斯·卡索维奇答应弗洛伊德，准备让他担任儿科疾病研究所的神经病科主任职务。正是为了适应未来的工作，他才决定在柏林停留几个星期，以便从巴金斯基那里学到关于小儿科疾病的更多知识。
　　弗洛伊德回到维也纳以后，就正式担任儿科疾病研究所的神经病科主任。在那里，他工作了很多年。与此同时，他在维也纳正式开业行医。
　　自那以后五年内，弗洛伊德一方面沉浸在家庭生活的幸福气氛中，另一方面勤勤恳恳地从事本行工作。
　　从一八八六年到一八九一年，佛洛伊德只发表了一篇论文。这篇论文发表于一八八八年，内容是对两个患偏盲症的儿童的观察和治疗的总结和分析。
　　弗洛伊德对这一段时间的工作并不满意。他在《自传》中说：
　　在一八八六年到一八九一年之间，我几乎没有做过半点科学研究工作，或发表过半篇文章。我成天都在为建立自己的医业基础，以及为满足自己和日见增大的家庭的温饱而忙碌着。
　　在这段时间里，如果有什么成果的话，就是他进行大量的临床治疗。尤其可贵的是，他所接触的病人大多数是神经病患者。这就使他遇到了各种类型的神经病病例，积累了丰富的实际经验；而且，他也可以借此机会，将自己自巴黎学习后的心得应用于实际治疗中。他在治疗病人的过程中，进一步深信电疗、浴疗、推拿疗法和催眠疗法对于治疗精神病的积极效用，这些疗法往往取得了令人满意的成功。从一八八七年十二月开始，他更集中地使用催眠疗法。这些初步的成功，使他对治好精神病更加充满着信心。
　　弗洛伊德在治疗精神病方面的初步成果，并不是轻而易举得来的。他刚从巴黎回维也纳时，就遇到种族歧视，以致使他不能在精神病研究所工作，而不得不专治儿科的神经系统疾病。另一方面，旧有的、反科学的传统观念——即把歇斯底里症当成“妇女病”也阻碍他进一步发挥专长。那些医学权威们不承认歇斯底里病是神经系统疾病，不接受弗洛伊德关于“男性歇斯底里”病例和“暗示引起的歇斯底里麻痹”的研究成果。最后，甚至把弗洛伊德赶出脑解剖实验研究所的大门，使弗洛伊德根本找不到可发表讲稿和论文的刊物，也迫使他只能够在私人诊所推行自己的精神病治疗法。
　　弗洛伊德在实践中所采用的有效方法中，最突出的是催眠术。实际上，当时比较流行的是用电疗。弗洛伊德通过实践发现传统的电疗法的效果是很有限的，他认为，早先由德国最著名的神经病学权威耳伯（W·Erb）所倡导的电疗法，有很多毛病。他在电疗中发现了另一种有用的副产品，即“暗示法”（Suggestion）。他认为，在电疗过程中，如果有什么成功的例子的话，实际上应该归功于医生对病人的暗示作用。有了这种认识之后，他干脆把那套电疗用的电器束之高阁。
　　至于催眠术，那么，弗洛伊德早在学生时代就已有所发现。他说：
　　当我还是一个学生的时候，我就曾参观过催眠术专家汉森的当众表演，亲眼看到一个被催眠的人全身僵硬，脸色苍白，一直到催眠术完全表演完毕才苏醒过来。由于这一事实，使我深信催眠现象的真实性。不久之后，海登汉就给催眠术提供了科学的根据。虽然如此，那些心理、精神病等的专家教授们，还是有一段相当长的时间不断地指责催眠术为欺诈，甚至把它说成具有危险性的方法，非常瞧不起催眠术。在巴黎就不同了，我见过催眠术被人自由地运用，去引诱症状的发作，然后又用它解除症状。此外，据最新的消息报道，法国的南锡还出现了一个新的学派，他们广泛而极为成功地应用暗示于治疗上面，有的就是借助于催眠。
　　奥地利医学界，在弗洛伊德以前，一直很少应用催眠术。就连著名的梅纳特教授也把催眠术在医疗上的应用看作是一种“不幸”。
　　弗洛伊德的可贵之处在于只服从真理，而不服从任何“传统”或“权威”。他追求真理，也善于发现真理，对于催眠术的研究和应用，正是体现了弗洛伊德的这种优良品质。
　　催眠术的应用不仅标志着精神病治疗法的一次革命，而且，也使弗洛伊德从对歇斯底里病症的治疗中得到有益的启示，这是他转向精神分析研究的重要关键。正是通过催眠术的应用，弗洛伊德发现在人的意识背后，还深藏着另一种极其有力的心智过程——“潜意识”。后来，他发掘这种潜意识，并加以分析，最后导致了他的精神分析学整个科学体系的建立。在他看来，所谓潜意识是被心理抑制和压迫着的领域，它栖息在内心阴暗的角落里，要经过外力的帮助、引诱和启发，经过某种分析的照明，除掉精神的压力，才能转化为“意识”。而这种“潜意识”在未发现以前是深不可测的；就其内容和倾向性而言，也有好有坏的；它有时甚至抑制为一种荒谬不经的“梦魇”。这种内心秘密，又好象是人在时间中漂流，如同一座冰山，大部分浸在无意识的海洋中，小部分“漂浮”在“意识”的层面上。正是这种关于“潜意识”的观念构成为弗洛伊德的精神分析学的理论基础。须知，恰恰是催眠疗法为“潜意识”的发现提供了一个重要线索。
　　由此可见，弗洛伊德的精神分析学本身并非主观杜撰出来的臆想，而是在弗洛伊德及其同事们的医疗实践中总结和发展而来的理论。